办公室：负责综合协调、督促检查中心的党务和行政管理工作，负责宣传、行政、会务、文秘、接待、信访、机要、计生等工作。

人事部：负责人员聘用、劳动工资、职称评聘、社会保障、公费医疗、外事、离退休人员管理工作。

业务管理部：负责中心工作人员的业务培训和管理，制定、实施有关业务管理制度，监控业务质量，组织医疗纠纷、业务事故的调查、分析和技术鉴定，以及负责献血员档案质量的监督、检查和评价工作。

纪检审计室：负责纪律检查、廉政建设、审计、信访等工作。

后勤设备管理部：负责中心后勤保障、后勤服务管理，包括中心物资、设备的采购、维修和管理，中心建设规划、基建工程管理维修、资产管理等工作，以及中心综合治理、安全保卫、消防等工作。

财务部：负责编制和执行财务预决算，负责财务管理、资产运营管理工作，承担各种费用收缴、职工工资发放等工作。

科教信息部：负责中心信息网络的建设、管理、维护以及献血员档案管理等工作。

贮血发血部：负责血液待检库管理和成品血的库存、预约、发放管理，以及血液辐照等工作。

体检采血部：负责献血咨询、体格检查、献血者初筛，以及血液的采集和献血安全保障等工作。

机采成分部：负责献血者的招募、管理，机采成分血的制备等工作。

检验部：负责中心血液标本的检测等工作。

成分血制备部：负责除机采成分血以外的血液成分制备工作。

临床输血研究所：负责临床输血技术培训，红细胞、白细胞、血小板、器官移植配型等有关日常工作的开展以及血液相关研究等工作。

质量控制部：负责中心质量管理体系的建立、实施、持续改进等工作。

血源管理部：负责广州市无偿献血办公室日常工作及血源组织管理等工作。